50 - 基因组预测的基础(4) - ssGBLUP和H矩阵
ssGBLUP经过10多年的发展，已经普遍开始应用在动物育种中。
以前的多步法
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基因组评估
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问题：
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表型的测量
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BLUP会低估基因组选择趋势
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一步法（ssGBLUP）
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展
人工智能
转录组丨limma差异表达分析，绘制火山图和热图
limma差异表达分析
本篇笔记的内容是在R语言中利用limma包进行差异表达分析，主要针对转录组测序得到的基因表达数据进行下游分析，并将分析结果可视化，绘制火山图和热图
[TOC]
基因表达差异分析是我们做转录组最关键根本的一步，不管哪种差异分析，其本质都是广义线性模型，limma也是广义线性模型的一种，其对每个gene的表达量拟合一个线性方程。
limma包是2015年发表在Nuclei
工具 | 比较基因组 | WGDI
看我不如看【参考】
参考：
WGDI |
WGDI |
bilibili | WGDI的简单使用（一）
bilibili | WGDI的简单使用（二）
简书 | xuzhougeng | 如何用WGDI进行共线
获得二级分组的键集合，也就是性别集合
import java.util.List;
import java.util.Map;
import java.util.Set;
import java.util.function.Function;
import java.util.stream.Collectors;
import java.util.stream.Stream;
public class GroupingDemo2 {
评价的三种类型：学习性评价，学习的评价和学习式评价《大概念教学》206---209
以往我们更多的把评价分为形成性评价和终极性评价。形成性评价是在过程中收集数据，终结性评价是到结束后收集数据，其目的都在于评定学生。
形成性评价的目的在于改进，而终结性评价的目的在于评定。如果在过程中数据收集证据也是用于评定，而不是反馈，那么会使学生长期处于一种焦虑状态，不敢犯错。特别是对于一些具有高难度的任务而言，学习需要有一个过程，而改进恰恰需要给予学生犯错的空间，从而鼓励他们去完成挑战性任务。
Flink 内存管理和序列化
Flink managed memory是由flink管理的内存，不受JVM管理。
自主内存管理的优点：
内存更可控，可定制更高效的算法；
减少JVM GC压力；
节省数据内存空间占用；
高效的二进制操作和缓存敏感性；
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Flink如何分配内存
MemoryManager 负责将 MemorySegments 分配、计算和分发给数据处理操作符，例如 sort 和 jo
